Les origines du berger de Beauce sont semblables à celles de la plupart des bergers européens continentaux, à savoir le canis palustris (ou "chien des Tourbières"). Les apports et évolutions au cours des siècles font que le tronc commun originel dont est issu le berger de Beauce semble relativement disparate, compte tenu de la morphologie polyvalente que requiert la fonction bergère et des spécificités de la race.
À l'origine destiné à protéger le troupeau de moutons, le chien de berger a reçu un rôle de chien de conduite au Moyen-Âge par l'application du principe de vaine pâture. L'ancêtre du berger de Beauce, par sa stature imposante, a certainement assumé la double fonction de protection et de conduite du troupeau dans les plaines françaises, alors que des chiens de taille moyenne s'occupaient de la conduite en montagne. L'abbé François Rozier mentionne, dans son cours d'Agriculture, un mâtin "hardi" et "capable d'attaquer et de terrasser un loup", qui pourrait être entré dans le patrimoine génétique du Beauceron sans en être assurément l'unique ascendant.
Aujourd'hui Briard et Beauceron n'ont plus de troupeaux à garder dans les verts pâturages du nord de la France, qui sont devenus champs de blé et de maïs. Aussi ne les voit-on plus que dans les concours.
Lors de la première exposition canine française en 1863, 16 chiens de berger sont présentés, dont 13 présentent un type lupoïde et une robe noire et feu. Il s'agit certainement de la première apparition officielle de ce qui allait devenir le berger de Beauce.
En 1893, le vétérinaire Pierre Mégnin, à l'origine de l'appelation "berger de Beauce", publie les caractéristiques du chien. Il le différencie de son cousin à poil long, le berger de Brie. La même année, le premier sujet, Bergère de la Chapelle, est inscrit au Livre des Origines Français.
C'est en 1896 que les bases de la sélection sont définies, par une commission spécialement créée pour examiner les caractéristiques des deux chiens de berger français principalement rencontrés: l'une à poil court (le berger de Beauce), l'autre à poil long (le berger de Brie). Cette commission, composée d'experts et d'agriculteurs-éleveurs (mais sans bergers!), définit les critères de la race et officialise la dénomination "berger de Beauce", en stipulant bien qu'il ne s'agit nullement de la région d'origine mais d'une convention de langage. De cette commission naît, la même année, le Club Français du chien de Berger et l'année suivante, le premier standard est publié. Ce premier standard reste relativement vague: il admet une taille de 60 à 70 centimètres, sans distinction de sexe, et différentes couleurs de robe sont autorisées. En 1911, sous l'impulsion de l'éleveur Siraudin, le Club des Amis du Beauceron, club officiel de la race, est créé. Le standard est alors revu pour homogénéiser la taille et supprimer les robes devenues rares.
La quasi-disparition progressive du travail pastoral dans les plaines françaises (première moitié du XXème siècle) oblige le berger de Beauce à se reconvertir. Comme certains de ses cousins, il réussit brillamment ce pari. Dans les disciplines de défense tout d'abord, mais surtout dans un double rôle qu'il remplit à merveille: chien de garde et chien de famille. Quelques bergers l'utilisent encore pour la conduite de troupeaux et une partie des propriétaires de beaucerons pratiquent l'un ou l'autre sport canin avec leur chien. Le beauceron fait partie des quelques races admises dans les disciplines comprenant une épreuve de mordant.
Depuis les années 70, le nombre de naissances par an en France est relativement stable (entre 3000 et 4000), la race n'ayant jamais subi les conséquences d'un effet de mode passager. Il figure dans le top 15 des naissances en France, mais risque cependant de souffrir de l'interdiction de la coupe des oreilles, qui change radicalement sa physionomie. Depuis cette même période, le Beauceron s'exporte mais il reste relativement discret en dehors de l'hexagone.
